La Deliberazione del Consiglio Regionale 18 luglio 2006, n. 81 - 24225, ha approvato il Piano Naturalistico Sito di importanza comunitaria e Zona di protezione speciale Palude di San Genuario e ha nel contempo individuato in questo Ente-Parco il soggetto gestore del Sito, con l'obbligo di farne rispettare le indicazioni.
Il Piano esplica i suoi effetti come strumento di tutela ai sensi dell'art. 135 del D.Lgs. 22 gennaio 2004, n. 42: "Codice dei beni culturali e del paesaggio";. Le funzioni amministrative riguardanti il rilascio delle autorizzazioni previste dal decreto legislativo citato relativi agli interventi ammessi sono subdelegate ai Comuni, nell'ambito delle previsioni dei Piani Regolatori Generali.
Il Piano ha altresì effetti ed efficacia di "Piano di gestione"; di cui all'articolo 6 della Direttiva 92/43/CEE del 21 maggio 1992 relativa alla conservazione degli habitat naturali e seminaturali e della flora e fauna selvatica.
L'accertamento delle violazioni è compito dell'Area di Vigilanza, che opera secondo le norme e i principi del Codice penale. Le violazioni sono punite con le sanzioni previste dalla legge regionale 26 luglio 2004, n.24, oltre che dalle specifiche leggi di settore nazionali e regionali.